Padažui keptuvėje ištirpinkite sviestą ir jame pakepinkite miltus. Pašildykite (tik neužvirkite) pieną. Pieną plona srovele pilkite į keptuvę su miltais ir kruopščiai maišykite, kad padaže neliktų miltų gumulėlių. Padažą pagardinkite druska, tarkuotu muskato riešutu, užvirkite ir tada suberkite tarkuotą sūrį – maišykite iki jis visiškai išsilydys. Keptuvę nuimkite nuo ugnies, padažą nedaug atvėsinkite ir labai plona srovele nuolat maišydami supilkite išplaktus kiaušinius. Padažas paruoštas. Musakai svogūnus būtinai pjaustykite pusžiedžiais, nulupkite pomidorus ir susmulkinkite kubeliais. Baklažanus supjaustykite plonomis riekelėmis ir iš abiejų pusių apkepkite aliejuje, popierine servetėle sugerkite riebalų perteklių. Aliejuje pakepinkite svogūnus, sudėkite ir pakepinkite mėsą. Po 5 min. supilkite vyną ir maišydami kepkite, kol skystis išgaruos. Mėsą pagardinkite prieskoniais. Į storasienę kepimo formą sluoksniais sudėkite baklažanus ir mėsos įdarą, viršuje turi būti baklažanai. Užpilkite padažu ir viršų pabarstykite tarkuotu sūriu. Apkepą kepkite 30–40 min. iki 180 °C įkaitintoje orkaitėje
